2.Brains Crack/SPM

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SPMとは

fMRIデータを解析するためのソフトウェア.フリーソフト SPMのサイト

SPM の操作

SPM5 の立ち上げ.

command windowに次を入力.

spm fmri

3つのウィンドウが開かれる.
左上,左下に正方形,右に長方形のウィンドウ.

「Pre-Processing」と「それ以後の解析」.

基本的にPre-Processingは一度行えば,その後の解析方法が違っても再度改めて行う必要は無し.Pre-Processingで作成した画像ファイルや*.matファイルをコピーして使えばいい.上書きしないように注意.

統計的差分解析における「脳活動」が出来るまでの概要.

  • Neural Activity in Brain
      ↓ Measurement
    BOLD Image
      ↓ Preprocessing
    Correct BOLD Image
      ↓ GLM (General Linear Model) analysis
    Experimental condition related BOLD Images
      ↓ Statistical subtract analysis
    Statistical Image (t or p value image)
      ↓ Decide threshold
    Super/sub -threshold Statistical Image

SPM2のUI(User Interface)にするために.

右側に現れる「SPM5:Graphics」のウィンドウの
 [TASKS]-[sequential]
その後に出てくる選択肢で自分が必要な解析を選ぶと,
左下のウィンドウがSPM2と同じUIになる.
Pre-Processingならば 

[TASKS]-[sequential]-[temporal]or[spatial]-[***]

※各解析毎に上記の操作をしないとSPM2のUIにならない.

SPM使用メモリの変更,計算を速くするために.

spm_defaults.m内にある下記の部分を変更すると,使用メモリの最大が変更され,計算が非常に速くなる.もちろん自分の計算機に積んでいるメモリ容量とMatlab が利用できるメモリの最大を考慮する必要がある.Matlabは32bit版で2^32-1,64bit版で2^48-1です.もちろん,SPMでこれ以上のメモリ消費はできない.

defaults.stats.maxmem = 2^26;

参考Webページ

SPM5の解説.「動き補正」以下を参照.
SPM2についても解説あり.
 http://meg.aalip.jp/MRIcroSPM/spm5/index.html


&tag(matlab, fMRI, experiment, brain, tool)

最終更新日: 2014-11-21 (金) 16:14:08 (1705d)

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